Вирус SARS-CoV-2, вызывающий пандемию COVID-19, представлен как минимум шестью штаммами. Несмотря на мутации, вирус мало изменчив, и это хорошая новость для исследователей, работающих над жизнеспособной вакциной.
Это результаты самого обширного из когда-либо проводившихся исследований секвенирования SARS-CoV-2. Исследователи из Болонского университета извлекли из анализа 48 635 геномов коронавируса, которые были выделены исследователями в лабораториях по всему миру.
Это исследование было опубликовано в журнале Frontiers in Microbiology. Тогда исследователи смогли составить карту распространения и мутаций вируса во время его путешествия по всем континентам.
Первые результаты обнадеживают. Коронавирус имеет небольшую изменчивость, примерно семь мутаций на образец. Частота изменчивости обычного гриппа более чем в два раза.
«Коронавирус SARS-CoV-2 предположительно уже оптимизирован для воздействия на людей, и это объясняет его низкие эволюционные изменения», – объясняет Федерико Джорджи, исследователь Unibo и координатор исследования. "Это означает, что разрабатываемые нами методы лечения, включая вакцину, могут быть эффективны против всех штаммов вирусов."
В настоящее время известно шесть штаммов коронавируса. Первоначальным является штамм L, появившийся в Ухане в декабре 2019 года.
Его первая мутация – штамм S – появилась в начале 2020 года, а с середины января 2020 года у нас появились штаммы V и G. На сегодняшний день штамм G является наиболее распространенным: в конце февраля 2020 года он мутировал в штаммы GR и GH.
«Штамм G и родственные ему штаммы GR и GH являются наиболее распространенными, составляя 74% всех проанализированных нами последовательностей генов», – говорит Джорджи. «Они представляют четыре мутации, две из которых способны изменять последовательность РНК-полимеразы и белков Spike вируса.
Эта характеристика, вероятно, способствует распространению вируса."
Если мы посмотрим на карту коронавируса, мы увидим, что штаммы G и GR наиболее распространены в Европе и Италии. По имеющимся данным, штамм GH практически не существует в Италии, но чаще встречается во Франции и Германии. Похоже, это подтверждает эффективность методов сдерживания последних месяцев.
В Северной Америке наиболее распространенным штаммом является GH, а в Южной Америке чаще встречается штамм GR. В Азии, где первоначально появился штамм Wuhan L, распространение штаммов G, GH и GR увеличивается. Эти штаммы приземлились в Азии только в начале марта, более чем через месяц после их распространения в Европе.
Во всем мире штаммы G, GH и GR постоянно увеличиваются.
Штамм S можно найти в некоторых закрытых зонах в США и Испании. Штаммы L и V постепенно исчезают.
Помимо этих шести основных штаммов коронавируса, исследователи выявили несколько редких мутаций, которые на данный момент не вызывают беспокойства, но, тем не менее, должны отслеживаться.
«Редкие геномные мутации составляют менее 1% от всех секвенированных геномов», – подтверждает Джорджи. "Однако очень важно, чтобы мы изучали и анализировали их, чтобы мы могли определить их функции и отслеживать их распространение. Все страны должны внести свой вклад в дело, предоставив доступ к данным о последовательностях генома вируса."
Это исследование было опубликовано в журнале Frontiers in Microbiology под названием «Географическое и геномное распределение мутаций SARS-CoV-2."Авторы – Даниэле Меркателли и Федерико М. Георгий, оба с факультета фармации и биотехнологии Болонского университета.