Различные виды гибридных белков могут возникать естественным образом в организме человека, что иногда приводит к раку. Понимание взаимодействий между гибридными белками и другими белками может помочь улучшить индивидуальное лечение рака. Однако количество научных работ, в которых обсуждаются эти взаимодействия, быстро растет, и стандартного формата для представления этой информации не существует. Таким образом, организация и сохранение этих знаний представляет собой серьезную проблему.
ProtFus решает эту проблему, используя вычислительные стратегии, такие как интеллектуальный анализ текста и машинное обучение, для анализа научной литературы из онлайн-поисковой системы PubMed. Он может идентифицировать гибридные белки, которые могут иметь несколько названий, и может идентифицировать экспериментально подтвержденные взаимодействия между гибридными белками и другими белками.
Применительно к тестируемому набору из 1817 гибридных белков ProtFus выявил 2908 взаимодействий между 18 типами рака, которые были опубликованы в научных текстах в PubMed.
ProtFus также основан на инструменте, ранее разработанном исследователями для прогнозирования взаимодействий данного гибридного белка на основе известных свойств его двух родительских белков.
ProtFus берет интересующий гибридный белок, использует ранее разработанный инструмент (химерный белок-белок-взаимодействия или ChiPPI) для прогнозирования его взаимодействий, а затем проверяет эти взаимодействия с помощью поиска в PubMed.
«Наши результаты демонстрируют потенциал для интеллектуального анализа текста крупномасштабных научных статей с использованием новой инфраструктуры больших данных с обновлением в реальном времени из статей, публикуемых ежедневно», – говорит д-р.
Милана Френкель-Моргенштерн, автор-корреспондент исследования. «ProtFus может способствовать изучению изменений белковых сетей у отдельных онкологических пациентов в полностью индивидуализированной манере», – подчеркивает Тагор, первый автор и предыдущий постдок в лаборатории (в настоящее время – постдок в Колумбийском университете, Нью-Йорк).