Как и в случае с другими культурными культурами, некоторые потенциально полезные гены, которые присутствовали у его южноамериканских предков, были потеряны во время одомашнивания и разведения современного томата Solanum lycopersicum var. Lycopersicum.
Из-за его важности как сельскохозяйственной культуры последовательность генома томата была завершена и опубликована еще в 2012 году с последующими дополнениями и улучшениями.

Теперь команда Университета Цукуба в сотрудничестве с TOKITA Seed Co. Ltd, получили высококачественные последовательности генома двух диких предков томатов из Перу, Solanum pimpinellifolium и Solanum lycopersicum var. Cerasiforme. Недавно они опубликовали работу в журнале «Исследования ДНК».

Команда использовала современные технологии секвенирования ДНК, которые могут считывать более длинные последовательности, чем это было возможно ранее, в сочетании с передовыми инструментами биоинформатики для анализа сотен гигабайт сгенерированных данных и подтверждения высокого качества данных. Они собрали множество фрагментов последовательностей, показали, где последовательности соответствуют известным генам в 12 хромосомах, обнаруженных в культурных томатах, а также идентифицировали тысячи последовательностей новых генов, которые не встречаются в современных типах. Многие из этих новых последовательностей ДНК присутствуют только у одного или другого предкового вида.
Исследователи продолжили анализ транскриптома в двух исконных помидорах – тех генах, в которых ДНК транскрибируется в сообщения РНК, которые предоставляют инструкции для клетки по производству белков – исследуя 17 различных частей растений, чтобы показать, какие гены были активный.

Вместе со сравнениями с известными генами эта информация указывает на возможные функции новых генов, например, в развитии плодов или придании устойчивости к болезням листьев или устойчивости к соли в корнях.
«Новые последовательности генома этих исконных томатов будут полезны для изучения эволюции этой группы видов и того, как генетика изменилась во время одомашнивания», – говорит автор-корреспондент профессор Тору Ариидзуми. "Кроме того, дикие родственники содержат тысячи генов, которых нет в современных культурных томатах.

С помощью этой новой информации исследователи смогут найти новые и полезные гены, которые можно использовать в помидорах, а также, возможно, в других культурах. Это поможет селекционерам разработать улучшенные будущие типы томатов с такими характеристиками, как лучшая устойчивость к болезням, повышенная устойчивость к изменяющимся климатическим условиям, а также улучшенные вкусовые качества и срок хранения."