Открытые данные о геномах малярии помогут бороться с лекарственной устойчивостью: этот выпуск представляет собой крупнейший в мире ресурс геномных данных об эволюции малярийных паразитов и устойчивости к лекарствам

Этот выпуск открытых данных представляет собой крупнейший в мире ресурс геномных данных об эволюции малярийных паразитов и устойчивости к лекарствам. Он предоставляет эталонные данные об изменениях генома паразитов, которые необходимы для поиска новых лекарств и вакцин, а также для разработки инструментов эпиднадзора для контроля и ликвидации малярии.
Малярия – серьезная глобальная проблема здравоохранения, в результате которой в 2019 году, по оценкам, погибло 409000 человек, при этом 67 процентов смертей приходятся на детей в возрасте до пяти лет *. Этот ресурс данных посвящен Plasmodium falciparum, виду малярийного паразита, который вызывает наиболее распространенную и смертоносную форму болезни.

Сеть геномной эпидемиологии малярии (MalariaGEN) предоставляет исследователям и программам борьбы в эндемичных по малярии странах доступ к технологиям секвенирования ДНК и инструментам для геномного анализа. Основанная в 2005 году, MalariaGEN теперь имеет партнеров в 39 странах, каждая из которых ведет свои собственные исследования по различным аспектам биологии и эпидемиологии малярии с общей целью поиска путей улучшения борьбы с малярией.
Эта последняя публикация представляет собой работу 49 партнерских исследований в 73 местах в Африке, Азии, Южной Америке и Океании, которые вместе предоставили 7113 образцов P. falciparum для секвенирования генома. В институте Wellcome Sanger каждый образец был проанализирован на предмет выявления более 3 миллионов генетических вариантов, и данные были тщательно обработаны, прежде чем они были возвращены партнерам для использования в их собственных исследованиях.

В этом документе собраны данные всех партнерских исследований, чтобы предоставить ресурсы открытых данных для более широкого научного сообщества.
Доктор Ричард Пирсон, соавтор из Института Wellcome Sanger, сказал: «Мы создали ресурс данных, который« готов к анализу »для всех, в том числе тех, кто не имеет специальной подготовки в области генетики.

Каждый образец аннотированного набора данных включает ключевые характеристики, имеющие отношение к борьбе с малярией, такие как устойчивость к шести основным противомалярийным препаратам и наличие в нем определенных структурных изменений, которые приводят к сбою диагностических тестов на малярию. Подобно тому, как проект «Геном человека» был ресурсом для анализа данных о последовательности генома человека, мы надеемся, что он станет одним из основных ресурсов для исследования малярии."

Один из основных принципов MalariaGEN – обеспечить четкую атрибуцию и признание всех групп, которые внесли свой вклад в ресурс данных. В этом наборе данных каждая выборка указана в сравнении с партнерским исследованием, к которому она принадлежит, с описанием научных целей исследования и местных исследователей, которые руководили работой.
Профессор Доминик Квятковски, соавтор из Института Wellcome Sanger и Института больших данных Оксфордского университета, сказал: «Для меня было огромной привилегией сотрудничать с нашими партнерами MalariaGEN по всему миру для создания этого ресурса данных. Мы гордимся тем, что эти геномные данные используются в публикациях наших коллег по эндемическим исследованиям малярии и другими участниками сообщества исследователей малярии.

Мы надеемся, что новые функции в этом выпуске данных сделают его доступным для еще более широкой аудитории, и наша команда сейчас усердно работает над выпуском следующей версии."
Профессор Абдулай Джимде, соавтор из Университета науки, методов и технологий Бамако, Мали, сказал: «Количественная оценка того, как малярийные паразиты реагируют на меры общественного здравоохранения, является ключом к успешной и устойчивой кампании по ликвидации. Со временем этот общедоступный ресурс будет способствовать исследованиям эволюционных процессов малярийного паразита, что в конечном итоге послужит основой для эффективных и устойчивых стратегий борьбы с малярией и ее ликвидации, которые будут иметь ключевое значение в искоренении этой разрушительной болезни."

OKA-MOS.RU