Свободно доступная платформа, которая включает программное обеспечение и несколько наборов данных золотого стандарта, позволяет сравнивать производительность тысяч различных вариантов анализа отдельных ячеек, чтобы помочь исследователям определить лучший метод для вопросов, на которые они хотят ответить.
Проект возглавляли доцент Мэтью Ричи и г-н Луи Тиан из Института медицинских исследований Уолтера и Элизы Холл, а также д-р Ким-Ань Ле Цао и г-н Аль-Дж.
Абади из Мельбурнского университета.
Многое еще неизвестно о триллионах клеток человеческого тела. В стремлении лучше понять клетки и роль, которую они играют в здоровье и болезнях, метод, называемый секвенированием одной клетки, стал горячей областью исследований.
За последние пять лет произошел взрывной рост новых инструментов анализа для интерпретации данных отдельных ячеек. Это оставило исследователям сотни вариантов на выбор в сложной задаче интерпретации больших и сложных наборов биологических данных.
Доцент Ричи сказал, что способность идентифицировать и определять каждую клетку и ее активность имеет неоценимое значение для предотвращения и лечения заболеваний.
"Проблема заключается в том, что колоссальный объем сложных биологических данных создается в результате исследований отдельных клеток.
«Наша платформа предлагает решение этой проблемы, помогая исследователям точно и эффективно разбираться в огромных объемах информации, полученной в их исследованиях», – сказал он.
Д-р Ким-Ань Ле Као сказал, что выбор правильного инструмента анализа данных имеет решающее значение для предотвращения вводящих в заблуждение результатов или неправильной биологической интерпретации данных.
«Одна из самых больших проблем, с которыми мы сталкиваемся в этой области исследований, – это наша способность сравнивать эффективность всех доступных в настоящее время методов анализа. Это можно сделать, только если у нас есть хорошие данные, такие как CellBench, для этого тестирования.
«CellBench уже позволяет исследователям выбирать правильный метод анализа и делать значимые и точные выводы на основе своих данных», – сказала она.
Доцент Ричи сказал, что была очевидна реальная потребность в инструменте сравнительного анализа для анализа отдельных клеток, потому что исследование команды уже было загружено более 3000 раз на сервер препринтов для биологии под названием bioRxiv, и что их данные уже были представлены в пяти других научные исследования.
«Мы действительно рады видеть быстрое освоение и использование данных из нашего проекта CellBench», – сказал он.
Исследователи надеются, что платформа будет способствовать более тщательному тестированию, что приведет к разработке более качественных методов анализа данных в будущем.
В конечном итоге они надеются, что платформа поможет исследователям сделать новые открытия и разработать более эффективные методы лечения основных проблем со здоровьем нашего времени.
Исследование было поддержано Инициативой Чана Цукерберга и Национальным советом по здравоохранению и медицинским исследованиям при правительстве Австралии.