Понимание того, откуда появился SARS-CoV-2 – вирус, вызвавший пандемию COVID-19, и как он распространяется, – важно для борьбы с ним и лечения. Большинство экспертов сходятся во мнении, что летучие мыши являются естественным резервуаром SARS-CoV-2, но для перехода от летучих мышей к людям был необходим промежуточный хозяин.
Недавнее исследование, в котором анализировался геном нового вируса, предполагало, что этим хозяином являются змеи, несмотря на то, что коронавирусы, как известно, заражают только млекопитающих и птиц.
Между тем, не связанное с этим исследование сравнивало последовательность белка-шипа – ключевого белка, ответственного за попадание вируса в клетки млекопитающих – нового коронавируса с последовательностью ВИЧ-1, отмечая неожиданные сходства. Хотя авторы отозвали этот препринт после научной критики, он породил слухи и теории заговора о том, что новый коронавирус мог быть создан в лаборатории.
Ян Чжан и его коллеги хотели провести более тщательный и полный анализ последовательностей SARS-CoV-2, чтобы решить эти проблемы.
По сравнению с предыдущими исследованиями, исследователи использовали более крупные наборы данных и новые, более точные методы и базы данных биоинформатики для анализа генома SARS-CoV-2.
Они обнаружили, что, в отличие от утверждения о том, что четыре области белка-шипа были однозначно общими для SARS-CoV-2 и ВИЧ-1, эти четыре сегмента последовательности могут быть обнаружены в других вирусах, включая коронавирус летучих мышей.
Обнаружив ошибку в анализе, предполагавшего, что змеи являются промежуточным хозяином, команда провела поиск последовательностей ДНК и белков, выделенных из тканей панголина, на те, которые похожи на SARS-CoV-2. Исследователи определили последовательности белков в легких больных животных, которые на 91% идентичны белкам вируса человека.
Более того, рецептор-связывающий домен спайкового белка из коронавируса панголина имел только пять аминокислотных отличий от SARS-CoV-2 по сравнению с 19 различиями между вирусными белками человека и летучих мышей. Эти данные указывают на панголина как на наиболее вероятного промежуточного хозяина для нового коронавируса, но, по словам исследователей, возможны дополнительные промежуточные хозяева.
Авторы выражают признательность за финансирование Национальному научному фонду, Национальному институту общих медицинских наук, Национальному институту аллергии и инфекционных заболеваний и Экстремальной науке и инженерной среде.